Terbentuknya Kementerian Agama mengalami proses yang tidak instan. Pasalnya, kelembagaan yang kali pertama diusulkan Mr. Muhammad Yamin dalam rapat besar (sidang) BPUPKI pada 11 Juli 1945 tidak disambut baik oleh banyak pihak, hingga pada titik tertentu usulan tersebut mendapat penerimaan. Meski mula ditujukkan untuk mengurus persoalan agama Islam, tetapi pada perkembangannya fungsi Kemenag masa kini lebih komprehensif karena dapat mengayomi kemajemukan masyarakat beragama yang ada di Tanah Air.
Mengutip laman resmi sejarah Kemenag, M. Yamin memberi usul akan perlunya diadakan Kementrian istimewa, yaitu yang berhubungan dengan agama dan pelayanan umat Islam. Usulan M. Yamin baru diterima setelah mendapat dukungan dari KNI dari partai politik Masyumi dalam sidang Pleno Komite Nasional Indonesia Pusat (KNIP), yang disampaikan KH. Abu Dardiri, KH. M Saleh Suaidy, dan M. Sukoso Wirjosaputro. Melalui juru bicara M. Saleh Suaidy mengusulkan, “Supaya dalam negeri Indonesia yang sudah merdeka ini janganlah hendaknya urusan agama hanya disambilkan kepada Kementerian Pendidikan, Pengajaran, dan Kebudayaan saja, tetapi Kementerian Agama yang khusus sendiri”.
Pernyataan dari M. Saleh Suady ini mendapat respons yang lebih positif. Syahdan, Kabinet Sjahrir II kala itu mengafirmasi dan pemerintah menetapkannya dengan SK No. 1/SD tanggal 3 Januari 1946 (29 Muharram 1365 H), yang berbunyi: Presiden Republik Indonesia, Mengingat usul Perdana Menteri dan BP-KNIP memutuskan mengadakan Kementerian Agama. Presiden Soekarno melalui radio RI mengangkat Haji Mohammad Rasjidi sebagai Menteri Agama pertama. Yakni seorang ulama yang berlatar belakang Islam modern, terkenal, dan tokoh Muhammadiyah.
Menteri Agama pertama ini sadar, bangsa Indonesia yang terdiri dari berbagai pemeluk agama. Bukan saja umat Islam, melainkan terdapat pemeluk Kristen, Katolik, Konghucu, Budha, Hindu, dan kepercayaan lainnya menjelaskan akan peran Kemenag sebagai lembaga yang turut serta terlibat dalam persoalan agama yang ada di Tanah Air, baik dari perumusan, ketetapan, dan kebijakan lainnya.
Pada perkembangannya, Kemenag saat ini memiliki struktur organisasi terdiri dari beberapa unit eselon, yaitu Pusat, Sekretariat Jenderal, Direktorat Jenderal Pendidikan Islam, Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Islam, Direktorat Jenderal Penyelenggara Haji dan Umrah, Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Katolik, Kristen, Hindu, Budha, Badan Litbang dan Diklat, Badan Penyelenggara Jaminan Produk Halal. Dengan ini pemerintah juga memfasilitasi mimbar keagamaan, baik secara digital maupun konvensional untuk menunjukkan adanya mentaati komitmen berbangsa atas kepercayaan dan keyakinan yang dianut masyarakat.
Alhasil adanya asumsi bahwa Kemenag hanya milik atau dihadiahkan untuk umat Islam Tanah Air, terlebih suatu kelompok tertentu sama sekali tidak dibenarkan. Secara menyeluruh peran Kemenag bagi masyarakat beragama seperti Indonesia sangatlah signifikan. Oleh karena itu, keberadaanya diharapkan dapat menjadi lembaga yang memuat pesan moderasi keagamaan, yang berorientasi pada memajukan kehidupan umat beragama, menghindari adanya konflik atau sentimen isu antar agama, menjunjung tinggi kedamaian, keadaban mulia, memperkuat nilai moderat, menghargai kemajemukan, dan menghormati harkat martabat manusia.
Dalam buku Sejarah Indonesia Modern: 1200-2004, Ricklef mengatakan penyebaran Islam merupakan salah satu proses yang sangat penting dalam sejarah Indonesia. Berangkat dari datangnya Islam, masa kolonialisme, pasca kemerdekaan, sampai pada titik ini tanpa menafikan peran penting lainnya di luar Islam. Sebab itu, tak dipungkiri jika masyarakat Indonesia yang mayoritas pemeluk agama Islam, sehingga pada kesempatannya secara tidak langsung memengaruhi kebijakan pemerintahan yang memuat unsur nilai-nilai islami. Akan tetapi, nilai tersebut sudah dikemas dengan sangat universal. Karena bagaimanapun para pendiri bangsa menyadari Indonesia yang serba plural, maka nilai universal kebangsaan ini akan terus dimasifkan agar masyarakat saling menghargai dan tidak merasa lebih mendominasi atau mendiskreditkan satu sama lain.
Dengan kata lain, berdirinya Kemenag untuk semua agama di Tanah Air adalah keniscayaan. Tantangan kita saat ini bukan lagi mempertanyakan atau mengklaim Kemenag milik siapa, melainkan menentukan arah jalan bagaimana Kemenag dapat menjadi lembaga yang dapat melayani semua agama dan kebutuhan publik dengan sebaik-baiknya. Di samping tuntutan peran Kemenag yang harus berupaya menjadi inspirasi setiap perubahan zaman, bukan sekadar menampung aspirasi-aspirasi masyarakat tanpa tindak lanjut dan minim solusi.
