Gus Dur dikenal sebagai pribadi yang cerdas dan banyak akal. Selama menjadi presiden, ia merasa hidupnya makin tidak bebas karena harus mengikuti arahan protokol istana, baik dari segi pakaian, makanan, kesehatan, bahkan jam tidur malam.
Pernah suatu kejadian, di awal tinggal di istana negara, rupanya Gus Dur masih tetap bergaya aktivis LSM. Dia mengobrol dengan asyik, serius dan tertawa bersama sejumlah kawan-kawannya.
Saking asyiknya obrolan itu, protokol istana mengingatkan, “Maaf Bapak Presiden, ini sudah pukul tiga pagi. Bapak harus tidur,” kata si Protokol.
“Oh, rupanya sudah jam tiga yaa.., baiklah kalau begitu,” sahut Gus Dur.
Lalu Gus Dur bangkit dari duduknya dan masuk ke dalam kamar. Kawan-kawannya tadi diajak, kemudian mereka melanjutkan obrolan sampai azan shubuh.